Modele sashimi

sashimi_plot est livré emballé avec MISO. Si vous avez installé MISO, vous avez déjà sashimi_plot. sashimi_plot lui-même ne nécessite que le paquet python matplotlib (version 1.1.0 ou supérieure) ainsi que samtools. sashimi_plot est un utilitaire pour produire automatiquement des parcelles de qualité de publication des parcelles de sashimi pour des analyses d`ARN-SEQ de l`expression isoforme. Il fait partie du cadre MISO. En particulier, sashimi_plot peut: (1) tracer des densités d`ARN-SEQ brutes le long des exons et des jonctions pour plusieurs échantillons, tout en visualisant simultanément le modèle de gène/isoformes à laquelle lit la carte, et (2) tracer la sortie MISO aux côtés des données brutes ou séparément. Les parcelles de sashimi peuvent également être faites à partir de IGV (voir faire des parcelles de sashimi de IGV). Moins fréquent, mais pas inhabituel, les ingrédients de sashimi sont des articles végétariens, tels que le Yuba (peau de caillé de haricot), et les viandes rouges brutes, telles que le boeuf (connu sous le nom de Gyula) ou le cheval (connu sous le nom de basashi). Le poulet «sashimi» (connu sous le nom de toriwasa) est considéré par certains [qui?] comme une délicatesse; le kōchin de Nagoya, Français poulet de Bresse et son dérivé américain, le poulet au pied bleu, sont favorisés par beaucoup à cet effet, car, outre leur goût, ils sont certifiés pour être exempts de Salmonella.

[citation nécessaire] Le sashimi de poulet est parfois légèrement braisé à l`extérieur. [citation nécessaire] Pour la visualisation de jonction, sashimi_plot utilise actuellement uniquement des lectures qui traversent une jonction unique. Si une lecture croise plusieurs jonctions exon-exon, elle est actuellement ignorée, bien que MISO utilisera une telle lecture dans l`estimation isoforme si elle est cohérente avec l`annotation isoforme donnée. En outre, sashimi_plot ignore actuellement les lectures contenant des insertions ou des suppressions et ne visualise pas les décorrespondances de séquences. Certains ingrédients de sashimi, tels que le poulpe, sont parfois servis cuits en raison de sa nature moelleuse. La plupart des fruits de mer, comme le thon, le saumon et le calmar, sont servis crus. Tataki (たたき ou 叩き, «pilonné») est un type de sashimi. Il est rapidement et légèrement poêlé à l`extérieur, le laissant cru à l`intérieur. Les ingrédients principaux les plus populaires pour le sashimi comprennent: le mot sashimi signifie «corps percé», c.-à-d. «刺身» = sashimi, où 刺し = Sashi (percé, coincé) et 身 = mi (corps, viande).

Ce mot date de la période Muromachi, et a été peut-être inventé lorsque le mot “切る” = kiru (Cut), l`étape culinaire, a été considéré comme trop inauspicieux pour être utilisé par quelqu`un d`autre que les samouraïs. Ce mot peut dériver de la pratique culinaire consistant à coller la queue et la nageoire du poisson aux tranches afin d`identifier les poissons consommés. En tant que nourriture crue, la consommation de sashimi peut entraîner une maladie d`origine alimentaire lorsque des bactéries ou des parasites sont présents; par exemple, l`Anisakiase est une maladie causée par l`ingestion accidentelle de nématodes larvaires dans la famille des Anisakidae, principalement Anisakis simplex mais aussi Pseudoterranova decipiens. De plus, des poissons Fugu mal préparés peuvent contenir de la tétrodotoxine, une neurotoxine puissante [8].

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